История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остаётся

В центре повествования три пары, чьи судьбы драматически связаны с событиями, которые разворачиваются на фоне военных действий. Фильм основан на реальной трагедии потопления корабля «Тайпин», произошедшем в 1949 году и унесший жизни более 1500 пассажиров и экипажа.